內(nèi)毒素與其他物質(zhì)包括蛋白質(zhì)能發(fā)生許多相互作用。抗內(nèi)毒素抗體和蛋白質(zhì)性質(zhì)的內(nèi)毒素受體（如CD14、CD16、CD18等）與內(nèi)毒素之間相互作用并以分子識別的方式實現(xiàn)。另外，還有些蛋白質(zhì)如溶酶體、乳鐵蛋白和轉(zhuǎn)鐵蛋白也是與內(nèi)毒素關(guān)系密切的蛋白質(zhì)（PI>7）。電荷的作用是主要的驅(qū)動力。內(nèi)毒素在與中性蛋白質(zhì)（如血紅蛋白）甚至酸性蛋白質(zhì)之間的相互作用還必須有其他的機制存在，這種作用即使在低離子強度時也能發(fā)生。但關(guān)于這方面的研究還有爭議，David等認為這可能與血漿白蛋白的脂肪酸結(jié)合有關(guān)。一般來說，蛋白質(zhì)的疏水作用是容易理解的，但仍缺乏強有力證據(jù)證明這是相互作用的主要機制。與Ca2+有關(guān)的蛋白質(zhì)羧基結(jié)合位點和內(nèi)毒素偏磷酸基結(jié)合位點的競爭在蛋白質(zhì)和內(nèi)毒素之間形成穩(wěn)定的鈣橋可能性更大。

不管這些機制是否重要，事實總是由于這種相互作用使得內(nèi)毒素分子得以被掩飾而不能被清除。1987年，Karplus等采用多黏菌素B交聯(lián)葡聚糖作為吸附劑，按標準步驟對小牛過氧化氫酶進行去污染，但并未能達到內(nèi)毒素的低限。Petsch等在另一項研究中發(fā)現(xiàn)，從堿性蛋白質(zhì)中去除少量內(nèi)毒素比從酸性蛋白質(zhì)中去除更難。

由于蛋白質(zhì)與內(nèi)毒素的相互作用，從蛋白質(zhì)溶液中去除內(nèi)毒素需要一種能與內(nèi)毒素作用更強的技術(shù)如吸附層析法。如能找到一種特殊分離蛋白質(zhì)和內(nèi)毒素復(fù)合體的方法也能有助于去除內(nèi)毒素分子，且不失為上述這種方法的替代方法。Karplus 等于1987年采用表面活性物質(zhì)β-辛基吡喃葡萄糖來分離人的IgG-內(nèi)毒素復(fù)合體，并且輔以多黏菌素B交聯(lián)葡聚糖來吸附內(nèi)毒素，但是這帶來了另一個問題，即如何去除殘余的表面活性劑。