在純化的最后階段，目標是蛋白質的濃度為克每升水平，同時內毒素的濃度為微克每升左右，這種情況常常會類似于大海撈針一樣的勞而無獲。

檢測這些低濃度的內毒素也是一個問題，往往很難在納克每升水平應用一般的常規方法直接檢測出來。據許多尚未正式報道的資料表明，許多檢測到的成分起先被認為是致熱性的新物質，后來證實這些物質的致熱活性的來源并不是這種物質本身而是內毒素。這是由于檢測技術的不敏感所造成的，所以要完-全清除內毒素顯然是不可能的。

用來檢測內毒素的生化試驗有兔試驗、鱟試驗，雞胚致死性試驗和半乳糖氨預處理小鼠致死性試驗等。其中，鱟試驗(LAL)是最為敏感和經濟的一種檢測方法。LAL試驗由Renrson于1985年創立，其原理是利用一種稱為鱟的海洋節肢動物的血凝集系統。運用這種方法在體外可檢測出0.02EU/ml水平的內毒素。雖然LAL試驗被認為是檢測內毒素的敏感而可靠的方法，但是許多物質也會干擾凝聚過程而導致假陽性或假陰性結果。這些干擾通常與樣品的濃度有關，如果將所檢測的樣品溶解可以避免干擾，但是這樣又會降低試驗的敏感性。當然，有的時候對于一些復雜的液體如血液、陽離子蛋白質溶液和脂質體包被的內毒素等檢測也會偶爾失效。因此，尋找一種可行的、敏感的生化試驗需要進一步的研究，全血刺激試驗是新近發展起來的一種檢測內毒素的試驗﹐目前尚在德國進行有關方面的驗證。