目前，解決如何去除內毒素的問題刻不容緩，那如何有效去除內毒素呢？

首先，在藥品制劑及基因工程等產品的生產過程去除內毒素包含兩方面的內容：在藥品制造過程中或在基因工程產品生產過程中所需的各類藥品以及水等一切儀器和試劑都不能有內毒素存在，甚至要檢查每一個環節中的個別藥品試劑的內毒素含量，若發現有超量或較大量內毒素存在時，必須要把內毒素去除，然后再進行下一步制造程序。去除內毒素的方法要根據各類藥物的相對分子質量等應用各種相應有效的方法予以去除。選擇去除內毒素的方法十分重要。

總之，要求研究既能有效去除內毒素又能最大限度地保持生物大分子活性的方法是十分重要的。一般需根據具體要求選擇去除內毒素的方法，例如基因工程產品的純化即主要采用各種分析技術如離子交換、親和層析、分子篩等有效去除內毒素。

離子交換是利用樣液中各種物質在同一環境中所帶電荷的不同而加以交換分離的，當pH值＞2時內毒素帶負電荷，這是離子交換法去除內毒素的基礎。應用層析法從白蛋白中去除內毒素的工藝主要是采用DEAE-SepharoseF介質，即將被內毒素污染的白蛋白上柱，使白蛋白和大部分內毒素結合于介質上，先用水清洗清除少部分不結合的內毒素，然后用特殊洗脫液選擇性洗脫白蛋白，此洗脫液對內毒素無作用，因此90%的內毒素仍結合在柱上，最后用NaOH將柱清洗干凈。用此法每批可以處理20kg白蛋白，可清除內毒素含量達20μg/L。

其次，即使生產中采取了有效的工藝和嚴格的預防措施，仍有可能在藥品制造及分裝中污染內毒素，如何處理已被污染的半成品是比較棘手的問題。

最后，人們要解決的是臨床上的內毒素血癥問題，即怎樣有效地把血液中的內毒素去除。目前較為有效的處理方法是采用親和層析技術，即將內毒素底物LAL或多黏菌素B（PMB）以及其他有效的、特異性較強的物質偶聯于載體（CNB-Scellulose或中孔纖維）上，用介質的特異性吸附內毒素，從而使蛋白通過，把內毒素吸附住。

Kutg介紹了PMB處理凝膠的制作，他利用PMB凝膠柱從含1~10mg/L內毒素的溶液中將內毒素充分除凈，但未能明確介質的吸附量。美國Sterogene生物分離公司的Acticlean Etox凝膠的最大內毒素結合量在血清中為2000EU/ml，在水中為20000EU/ml，用這種膠處理被污染的含白蛋白的干擾素，可吸附內毒素量為1700EU/ml，去除內毒素效果較好，但活性有一定損失。

目前需要解決的是蛋白與內毒素結合的問題，如果內毒素在蛋白溶液中以游離形式存在，上述方法是有效的；如果內毒素與目標蛋白結合在一起，則Thomas報道的選用透析的表面活性劑辛烷-B-D-吡喃甙葡糖可使內毒素與蛋白解離，之后再使用PMB-Sepharose 4B親和層析法，用這種方法處理已被內毒素污染的牛過氧化物酶是有一定效果的。

國內張順財等報道應用多黏菌素B脂親和層析法清除體液中的內毒素的結果表明：5ml多黏菌素B親和層析柱吸附內毒素的總量為450μg，應用此法對血清及腹水中的內毒素有明顯的吸附作用，而血清中的有效成分則無明顯改變，且柱的復活率可達85%。