吸附技術常被用于從蛋白質溶液中清除內毒素，其原理基于活性炭或其他吸附材料的非選擇性吸附作用。這用于血漿的去污染是可能的。但是，如果也用非選擇性吸附劑來使蛋白質溶液去污染則是不可行的，因為此時蛋白質也會被活性炭不可逆地吸附掉。在醫用方面，去除50%的內毒素已被認為是相當成功的，此時很大一部分患者能生存下來，否則將死亡。相反，在生物技術中50%的清除率是絕對不夠的，應該將內毒素清除到接近最-低下限值。接下來介紹選擇性清除內毒素的方法：吸附技術之離子交換層析。

內毒素是帶負電荷的，采用離子交換法能將其從不含蛋白質的溶液中吸附掉，如二乙烯氨乙烷（DEAE）色譜基質、DEAE膜或帶四個氨基酸基團的功能性基質。通過這種方法可以獲得超過5個規定量的清除因素，但是，這樣的有效去除效率只出現在高內毒素濃度情況下（LPS>1mg/L）。如果初始內毒素濃度≤<10μg/L（這是內毒素的一般污染水平），則3~4個規定量的減少是可行的。預先需要的最大吸附是初始的低離子力，與之相應的是濃度小于50mmol/L的NaCl溶液。

在酸性蛋白質溶液的去污染，由于蛋白質與內毒素競爭吸附劑的結合位點，使蛋白質同時被吸附成為一個難以解決的問題，所以內毒素的濃度通常要達到超過吸附柱對蛋白質的結合能力并使之耗盡的程度，常以DEAE吸附劑BSA作為典型的蛋白質。從這一點來看，只有具有正電荷網的蛋白質如堿性蛋白質，適合于用離子交換法來處理，因為離子交換技術通常是負離子交換模式，從而使這些蛋白質被拒于離子交換基質之上.此時離子交換劑和帶正電荷的蛋白質對內毒素的競爭也會發生，使出現沿層析柱分布的內毒素與堿性蛋白質的線性積聚現象。

調節酸性蛋白質的pH值使之達到或低于等電點是完-全可行的。這樣可中和或轉換蛋白質的電荷以抑制其被吸附，從而阻止競爭，但這在等電點時對于溶解性好和穩定性好的蛋白質來說則受到限制。一旦內毒素的正電荷網建立，內毒素就能跟堿性蛋白質聚合。